Il primo documento attendibile, che fa esplicita menzione di una Chiesa dedicata a Maria SS. ma di Canneto nella Valle di Canneto, è dell'anno 819 (Bolla di Pasquale I ) e si rinviene nel “Chronicon” del Monastero di S. Vincenzo al Volturno, la grande abbazia benedettina che fiorì agli inizi del secolo VIII alle sorgenti del Volturno nella pianura di Rocchetta, poco al di sotto del massiccio del Meta, dove tuttora sorge il complesso abbaziale.
Nel 1288, come si evince dal Rescritto di Niccolò IV al vescovo di Sora mons. Pietro Gerra, alla Chiesa di Canneto risultava annesso un monastero di fondazione benedettina con una regolare comunità presieduta dall'Abate e dotata di benefici ecclesiastici, su cui gravava una pensione annua in favore della Mensa Vescovile di Sora.
Nel 1392, dalle fonti archivistiche conosciamo i nomi dei religiosi: l'abate Fr. Giacomo, di Angelo, Fr. Biagio Macerelle, Fr. Nicola e Fr. Biagio di Stefano. Ma a quell'epoca i monaci non dimoravano più a Canneto, bensì in un borgo di Settefrati, dal quale continuavano ad officiare il Santuario. Il monastero, definitivamente abbandonato, non sarà più ricostruito.
Il 25 novembre 1475, i Cardinali Bartolomeo di S. Clemente e Giuliano di S. Pietro in Vincoli, il quale ultimo diventerà papa Giulio II, concedevano alla chiesa di Canneto, con Lettera Collettiva "Deum Placare", una indulgenza di 100 giorni da potersi lucrare nelle feste dell'Assunzione, dell'Ottava, della Natività della Vergine e di S. Giovanni Battista, e della dedicazione della Chiesa.
Da quest'epoca alla prepositura di Canneto si avvicendarono abati prevalentemente commendatari i quali godevano i frutti del beneficio, senza obbligo di resistenza. L'abuso, che è una delle piaghe secolari della Chiesa, sarà definitivamente sradicato dal Concilio di Trento ( 1545-63). Ecco i nomi di alcuni di questi investiti: Francesco De Volpinis (1475); D. Giacomo Di Veroli (1477); D. Inico De Mamayona, spagnolo (1477 in poi ); D. Federico De Manlion, spagnolo (1530-1533), che certamente risiedette a Settefrati; D. Angelo di Castel di Sangro, “ad interim”, che poi divenne per tre volte Abate di Montecassino; D. Tiberio Sipirando di Settefrati, “ad interim”; D. Pompilio Naro, romano (1533-1568); D. Pietro de Tutinellis di Atina (novembre 1568); D. Marco Antonio De Florentis di Perugia (dicembre 1568-1572).
Soggetta all'abbazia di Montecassino fin dalla seconda metà del sec. XIII, la Chiesa di Canneto, negli anni susseguenti alla fine del Concilio di Trento, fu dal vescovo sorano Tommaso Gigli (1561-1577) unita con tutti i sui beni al Seminario di Sora, al quale rimase affidata per ben quattro secoli fino ai nostri giorni.
Dal 1972, a motivo del suo sviluppo spirituale verificatosi specie nell'ultimo decennio, ha assunto direzione ed amministrazione propria.
Già dal 1288 la Chiesa risultava di beni terrieri, i quali formarono un patrimonio fondiario, che andò nei secoli sotto il titolo “Beneficio della Cappella di S. Maria di Canneto”
I fedeli furono verso la Madonna sempre più generosi di donazioni al punto che la Cappella, iscritta al trasporto art. 74, alla vigilia delle spoliazioni ecclesiastiche (1877), aveva in carico la seguente consistenza catastale: tomoli 166 e canne 28 di terra.
